API Reference

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• toil
  • toil.batchSystems
    • toil.batchSystems.mesos
      • toil.batchSystems.mesos.test
      • toil.batchSystems.mesos.batchSystem
      • toil.batchSystems.mesos.conftest
      • toil.batchSystems.mesos.executor
    • toil.batchSystems.abstractBatchSystem
    • toil.batchSystems.abstractGridEngineBatchSystem
    • toil.batchSystems.awsBatch
    • toil.batchSystems.cleanup_support
    • toil.batchSystems.contained_executor
    • toil.batchSystems.gridengine
    • toil.batchSystems.htcondor
    • toil.batchSystems.kubernetes
    • toil.batchSystems.local_support
    • toil.batchSystems.lsf
    • toil.batchSystems.lsfHelper
    • toil.batchSystems.options
    • toil.batchSystems.parasol
    • toil.batchSystems.registry
    • toil.batchSystems.singleMachine
    • toil.batchSystems.slurm
    • toil.batchSystems.tes
    • toil.batchSystems.torque
  • toil.cwl
    • toil.cwl.conftest
    • toil.cwl.cwltoil
    • toil.cwl.utils
  • toil.fileStores
    • toil.fileStores.abstractFileStore
    • toil.fileStores.cachingFileStore
    • toil.fileStores.nonCachingFileStore
  • toil.jobStores
    • toil.jobStores.aws
      • toil.jobStores.aws.jobStore
      • toil.jobStores.aws.utils
    • toil.jobStores.abstractJobStore
    • toil.jobStores.conftest
    • toil.jobStores.fileJobStore
    • toil.jobStores.googleJobStore
    • toil.jobStores.utils
  • toil.lib
    • toil.lib.aws
      • toil.lib.aws.ami
      • toil.lib.aws.iam
      • toil.lib.aws.session
      • toil.lib.aws.utils
    • toil.lib.encryption
      • toil.lib.encryption.conftest
    • toil.lib.accelerators
    • toil.lib.bioio
    • toil.lib.compatibility
    • toil.lib.conversions
    • toil.lib.docker
    • toil.lib.ec2
    • toil.lib.ec2nodes
    • toil.lib.exceptions
    • toil.lib.expando
    • toil.lib.generatedEC2Lists
    • toil.lib.humanize
    • toil.lib.io
    • toil.lib.iterables
    • toil.lib.memoize
    • toil.lib.misc
    • toil.lib.objects
    • toil.lib.resources
    • toil.lib.retry
    • toil.lib.threading
    • toil.lib.throttle
  • toil.provisioners
    • toil.provisioners.aws
      • toil.provisioners.aws.awsProvisioner
    • toil.provisioners.abstractProvisioner
    • toil.provisioners.clusterScaler
    • toil.provisioners.gceProvisioner
    • toil.provisioners.node
  • toil.server
    • toil.server.api_spec
    • toil.server.cli
      • toil.server.cli.wes_cwl_runner
    • toil.server.wes
      • toil.server.wes.abstract_backend
      • toil.server.wes.amazon_wes_utils
      • toil.server.wes.tasks
      • toil.server.wes.toil_backend
    • toil.server.app
    • toil.server.celery_app
    • toil.server.utils
    • toil.server.wsgi_app
  • toil.test
    • toil.test.batchSystems
      • toil.test.batchSystems.batchSystemTest
      • toil.test.batchSystems.parasolTestSupport
      • toil.test.batchSystems.test_lsf_helper
      • toil.test.batchSystems.test_slurm
    • toil.test.cwl
      • toil.test.cwl.conftest
      • toil.test.cwl.cwlTest
    • toil.test.docs
      • toil.test.docs.scriptsTest
    • toil.test.jobStores
      • toil.test.jobStores.jobStoreTest
    • toil.test.lib
      • toil.test.lib.aws
        • toil.test.lib.aws.test_iam
        • toil.test.lib.aws.test_s3
        • toil.test.lib.aws.test_utils
      • toil.test.lib.dockerTest
      • toil.test.lib.test_conversions
      • toil.test.lib.test_ec2
      • toil.test.lib.test_misc
    • toil.test.mesos
      • toil.test.mesos.MesosDataStructuresTest
      • toil.test.mesos.helloWorld
      • toil.test.mesos.stress
    • toil.test.provisioners
      • toil.test.provisioners.aws
        • toil.test.provisioners.aws.awsProvisionerTest
      • toil.test.provisioners.clusterScalerTest
      • toil.test.provisioners.clusterTest
      • toil.test.provisioners.gceProvisionerTest
      • toil.test.provisioners.provisionerTest
      • toil.test.provisioners.restartScript
    • toil.test.server
      • toil.test.server.serverTest
    • toil.test.sort
      • toil.test.sort.restart_sort
      • toil.test.sort.sort
      • toil.test.sort.sortTest
    • toil.test.src
      • toil.test.src.autoDeploymentTest
      • toil.test.src.busTest
      • toil.test.src.checkpointTest
      • toil.test.src.deferredFunctionTest
      • toil.test.src.dockerCheckTest
      • toil.test.src.fileStoreTest
      • toil.test.src.helloWorldTest
      • toil.test.src.importExportFileTest
      • toil.test.src.jobDescriptionTest
      • toil.test.src.jobEncapsulationTest
      • toil.test.src.jobFileStoreTest
      • toil.test.src.jobServiceTest
      • toil.test.src.jobTest
      • toil.test.src.miscTests
      • toil.test.src.promisedRequirementTest
      • toil.test.src.promisesTest
      • toil.test.src.realtimeLoggerTest
      • toil.test.src.regularLogTest
      • toil.test.src.resourceTest
      • toil.test.src.restartDAGTest
      • toil.test.src.resumabilityTest
      • toil.test.src.retainTempDirTest
      • toil.test.src.systemTest
      • toil.test.src.threadingTest
      • toil.test.src.toilContextManagerTest
      • toil.test.src.userDefinedJobArgTypeTest
      • toil.test.src.workerTest
    • toil.test.utils
      • toil.test.utils.toilDebugTest
      • toil.test.utils.toilKillTest
      • toil.test.utils.utilsTest
    • toil.test.wdl
      • toil.test.wdl.builtinTest
      • toil.test.wdl.conftest
      • toil.test.wdl.toilwdlTest
      • toil.test.wdl.wdltoil_test
  • toil.utils
    • toil.utils.toilClean
    • toil.utils.toilDebugFile
    • toil.utils.toilDebugJob
    • toil.utils.toilDestroyCluster
    • toil.utils.toilKill
    • toil.utils.toilLaunchCluster
    • toil.utils.toilMain
    • toil.utils.toilRsyncCluster
    • toil.utils.toilServer
    • toil.utils.toilSshCluster
    • toil.utils.toilStats
    • toil.utils.toilStatus
    • toil.utils.toilUpdateEC2Instances
  • toil.wdl
    • toil.wdl.versions
      • toil.wdl.versions.dev
      • toil.wdl.versions.draft2
      • toil.wdl.versions.v1
    • toil.wdl.toilwdl
    • toil.wdl.utils
    • toil.wdl.wdl_analysis
    • toil.wdl.wdl_functions
    • toil.wdl.wdl_synthesis
    • toil.wdl.wdl_types
    • toil.wdl.wdltoil
  • toil.bus
  • toil.common
  • toil.deferred
  • toil.exceptions
  • toil.job
  • toil.leader
  • toil.realtimeLogger
  • toil.resource
  • toil.serviceManager
  • toil.statsAndLogging
  • toil.toilState
  • toil.version
  • toil.worker
• tutorial_docker
• tutorial_managing2
• tutorial_helloworld
• tutorial_discoverfiles
• tutorial_multiplejobs2
• tutorial_dynamic
• tutorial_invokeworkflow2
• tutorial_jobfunctions
• tutorial_managing
• example_alwaysfail
• example_cachingbenchmark
• tutorial_quickstart
• tutorial_encapsulation2
• tutorial_multiplejobs3
• tutorial_cwlexample
• tutorial_encapsulation
• tutorial_invokeworkflow
• tutorial_requirements
• tutorial_staging
• tutorial_promises
• tutorial_services
• tutorial_promises2
• tutorial_multiplejobs
• tutorial_arguments
• mkFile
• debugWorkflow
• fake_mpi_run

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