All modules for which code is available
- builtins
- logging
- toil
- toil.batchSystems
- toil.batchSystems.abstractBatchSystem
- toil.batchSystems.abstractGridEngineBatchSystem
- toil.batchSystems.cleanup_support
- toil.batchSystems.contained_executor
- toil.batchSystems.gridengine
- toil.batchSystems.local_support
- toil.batchSystems.lsf
- toil.batchSystems.lsfHelper
- toil.batchSystems.mesos
- toil.batchSystems.options
- toil.batchSystems.registry
- toil.batchSystems.singleMachine
- toil.batchSystems.slurm
- toil.batchSystems.torque
- toil.bus
- toil.common
- toil.cwl
- toil.deferred
- toil.exceptions
- toil.fileStores
- toil.fileStores.abstractFileStore
- toil.fileStores.cachingFileStore
- toil.fileStores.nonCachingFileStore
- toil.job
- toil.jobStores.abstractJobStore
- toil.jobStores.fileJobStore
- toil.jobStores.utils
- toil.leader
- toil.lib.accelerators
- toil.lib.compatibility
- toil.lib.conversions
- toil.lib.directory
- toil.lib.docker
- toil.lib.dockstore
- toil.lib.ec2nodes
- toil.lib.exceptions
- toil.lib.expando
- toil.lib.ftp_utils
- toil.lib.history
- toil.lib.history_submission
- toil.lib.humanize
- toil.lib.io
- toil.lib.memoize
- toil.lib.misc
- toil.lib.objects
- toil.lib.plugins
- toil.lib.resources
- toil.lib.retry
- toil.lib.threading
- toil.lib.throttle
- toil.lib.trs
- toil.lib.url
- toil.options.common
- toil.options.cwl
- toil.options.runner
- toil.options.wdl
- toil.provisioners
- toil.realtimeLogger
- toil.resource
- toil.server.utils
- toil.serviceManager
- toil.statsAndLogging
- toil.toilState
- toil.utils.toilClean
- toil.utils.toilConfig
- toil.utils.toilDebugFile
- toil.utils.toilDebugJob
- toil.utils.toilDestroyCluster
- toil.utils.toilKill
- toil.utils.toilLaunchCluster
- toil.utils.toilMain
- toil.utils.toilRsyncCluster
- toil.utils.toilServer
- toil.utils.toilSshCluster
- toil.utils.toilStats
- toil.utils.toilStatus
- toil.utils.toilUpdateEC2Instances
- toil.wdl.utils
- toil.worker
